Absolwentka Akademii Medycznej w Warszawie. Na Warszawskim Uniwersytecie Medycznym uzyskała stopień doktora, a następnie doktora habilitowanego. Od kilkunastu lat zajmuje się opieką nad kobietami w ciąży, przede wszystkim powikłanej i wielopłodowej. Specjalistka w zakresie ginekologii i położnictwa oraz perinatologii. Wieloletnia wykładowczyni uniwersytecka. Kierownik Kliniki Położnictwa, Perinatologii i Neonatologii CMKP, w której prowadzi szkolenie podyplomowe położników i perinatologów. Współtwórczyni rekomendacji Polskiego Towarzystwa Ginekologów i Położników. Prywatnie podróżniczka, zacięta w zwiedzaniu świata i poznawaniu innych kultur.

Specjalista w dziedzinie perinatologii oraz położnictwa i ginekologii. Ukończył studia na I Wydziale Lekarskim Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego. Adiunkt w Klinice Położnictwa, Perinatologii i Neonatologii CMKP w Szpitalu Bielańskim w Warszawie. Odbył szkolenie w Harris Birthright Centre w Kings College Hospital w Londynie u Profesora Kyprosa Nicolaidesa i uzyskał prestiżowy dyplom w dziedzinie Medycyny Płodowej Fetal Medicine Foundation Diploma in Fetal Medicine. Ponadto szkolił się w Niemczech, Szwecji, Belgii i Brazylii. Specjalista fetoskopowych operacji rozszczepu kręgosłupa płodu, laserowych ablacji połączeń naczyniowych w ciążach bliźniaczych powikłanych TTTS oraz ekspertem w innych zabiegach wewnątrzmacicznych, takich jak cystoskopie płodowe, transfuzje dopłodowe, zakładanie shuntów i inne. Wieloletni wykładowca na kursach specjalizacyjnych dla lekarzy.

Od 2011 r. zatrudniona w Instytucie Matki i Dziecka, od 2013 r. jako kierownik Zespołu Pracowni Cytogenetyki w Zakładzie Genetyki Medycznej. Poprzednio pracowała w Katolickim Uniwersytecie w Leuven, w Belgii. W 2009 r. uzyskała tytuł doktora nauk medycznych w zakresie biologii medycznej, a tytuł specjalisty laboratoryjnej genetyki medycznej w 2010 r. Jednym z większych osiągnięć zawodowych prof. Nowakowskiej jest wdrożenie zastosowania unikalnej w Polsce metody analizy (HR-CGH i CGH do mikromacierzy). Prowadzi badania naukowe mające na celu identyfikację nowych genów odpowiedzialnych za niepełnosprawność intelektualną, wady wrodzone oraz zaburzenia ze spektrum autyzmu. Szczególnie jednak interesuje ją zespół delecji 22q11, a w szczególności przyczyny zmienności fenotypowej obserwowanej u pacjentów z tą chorobą. Zainicjowała powstanie Grupy Rodzin z Zespołem Delecji 22q11.